即使是顶级阵容也存在被克制的可能性。六道佩恩、宇智波鼬、带土、佐助、宇智波斑组成的T0阵容虽然输出强度极高，但面对特定忍者组合时仍会陷入被动。这类阵容的核心弱点在于过度依赖高爆发但缺乏持续作战能力，一旦遭遇控制链衔接或群体减益效果，整体输出节奏容易被中断。
针对六道轮回顶级阵容的克制手段主要集中在打断技能衔接和限制查克拉恢复两方面。油女志乃的团控技能配合鹿丸的群体减益效果，能有效降低敌方全体的攻击频率和伤害输出。纲手的大招团控和治疗技能可以抵消六道阵容的爆发伤害，同时为队伍争取反击时间。角都的吸血buff和重生技能则能进一步消耗敌方核心输出的体力值。
在实战对抗中，六道带土和宇智波斑这类依赖瞳术的忍者特别容易被幻术型阵容针对。夕日红虽然整体实力不如顶级忍者，但其专精幻术的特性对写轮眼使用者存在天然克制。完美人柱力原本可以免疫普通幻术，但写轮眼幻术能同时控制人柱力和尾兽，这使得四代水影枸橘矢仓等角色也难逃被操控的命运。这种双重控制机制对依赖尾兽之力的阵容具有显著压制效果。
平民玩家对抗顶级阵容时可选择性价比更高的功能型组合。大前排控制配合鸣人的高速单体点杀，能有效突破六道阵容的防御体系。小樱的群体回复能力与鹿丸的增益buff相结合，可以维持队伍在持久战中的生存能力。这种配置虽然单体输出不如顶级阵容，但通过控制链和持续治疗形成的战术压制，往往能瓦解敌方的高爆发攻势。
从阵容构建原理来看，六道轮回最强阵容的克制关系本质上是战术体系之间的相互制衡。爆发型阵容惧怕控制链和减益效果，而控制型阵容又容易被高速点杀突破。玩家需要根据敌方阵容特点灵活调整忍者配置，没有绝对无敌的阵容组合，只有更具针对性的战术选择。理解这种克制关系是提升实战胜率的关键所在。
